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北醫(yī)三院婦產(chǎn)科始建于1958年，是國家級重點學(xué)科，首批211工程重點學(xué)科，國內(nèi)首批博士點授予單位，是中國大陸第一例試管嬰兒誕生地（1988年3月10日）。
1984年起在張麗珠教授領(lǐng)導(dǎo)下，開展試管嬰兒技術(shù)的研究工作，除誕生中國大陸首例試管嬰兒外，又相繼誕生了首例配子輸卵管移植試管嬰兒、凍融胚胎試管嬰兒和贈卵試管嬰兒等。2006年國內(nèi)首例世界第二例三凍（凍卵、凍精子、凍胚胎）試管嬰兒在北醫(yī)三院誕生。
1986年在國家自然科學(xué)基金的支持下，衛(wèi)生部將“試管嬰兒”研究工作列入“七五”重點項目，題為“優(yōu)生－早期胚胎的保護、保存和發(fā)育”，該課題由張麗珠教授為技術(shù)負責(zé)人，由北醫(yī)三院、湖南醫(yī)科大學(xué)和北京協(xié)和醫(yī)院三家單位同時分頭進行。張麗珠教授帶領(lǐng)的工作小組依靠所了解的一些國外資料，白手起家，經(jīng)過第13次IVF-ET，就獲得了妊娠成功。1988年3月10日和5月27日，我國大陸首例和第二例試管嬰兒分別在北醫(yī)三院誕生，首例配子輸卵管內(nèi)移植嬰兒也于1988年3月18誕生了。
1992年6月12日、1995年2月6日、1996年9月8日我國首例贈卵試管嬰兒、首例凍融胚胎試管嬰兒和首例代孕試管嬰兒在北醫(yī)三院誕生。近10年來，將ICSI技術(shù)、PGD技術(shù)、輔助孵化、未成熟卵體外成熟培養(yǎng)用于臨床常規(guī)；1997年，在張麗珠教授指導(dǎo)下，通過人竇前卵泡發(fā)育的研究使人未成熟卵培養(yǎng)成熟并受精的研究也獲得成功，這項僅在個別國家獲得成功的成果受到國際著名學(xué)者世界第一例試管嬰兒締造者愛德華博土的高度贊譽。
2001年醫(yī)院根據(jù)發(fā)展的需要，投資1000余萬元將原來的試管嬰兒室擴建成今天2500平方米的生殖醫(yī)學(xué)中心，臨床和實驗室條件大為改觀，2004年4月通過衛(wèi)生部檢查，查獲準(zhǔn)開展常規(guī)IVF-ET、ICSI和PGD。
2005年，在陳貴安教授領(lǐng)導(dǎo)下，成功克隆出人胚胎干細胞系，并做了多個方向的誘導(dǎo)分化研究，水平達到國際先進行列。
2005年，陳貴安教授指導(dǎo)培育成功了我國首例也是世界第二例凍卵、凍精和凍胚的“三凍”試管嬰兒，成為我國首例試管嬰兒誕生后生殖醫(yī)學(xué)界的又一個標(biāo)志性成就。
2013年5月，中心成為北京市衛(wèi)生局“北京市人類輔助生殖技術(shù)質(zhì)量控制和改進中心”主任委員單位。
2013年，與北京大學(xué)合作在世界范圍內(nèi)率先開展“單個卵母細胞全基因組測序”研究，應(yīng)用MALBAC單細胞基因組高通量測序技術(shù)分析了人類單細胞卵母細胞的基因組，通過分析卵母細胞卵母細胞的兩個極體細胞推斷獲得卵母細胞本身的全部基因組信息。這項技術(shù)用于胚胎遺傳疾病的診斷，能減少母源性先天性遺傳缺陷嬰兒的出生。成果發(fā)表在國際著名學(xué)術(shù)期刊《CELL》雜志上。
目前北醫(yī)三院生殖中心能夠開展該領(lǐng)域中的所有技術(shù)，包括宮腔鏡和腹腔鏡檢查和治療等，2007年又開展了注水腹腔鏡手術(shù)這一最新技術(shù)。另外，對多囊卵巢綜合征的臨床與基礎(chǔ)研究方面，在李美芝教授和喬杰教授的領(lǐng)導(dǎo)下，經(jīng)過20來年的研究，在多項國家自然科學(xué)基金資助下進行了深入的基礎(chǔ)和臨床研究，診治水平達到國內(nèi)領(lǐng)先和國際先進。2006年，喬杰教授獲得國家“十一五”科技支撐項目支持，在國內(nèi)牽頭從事多囊卵巢綜合征的診斷和治療標(biāo)準(zhǔn)的研究，將進一步加深對該疾病的認識。
北醫(yī)三院生殖中心還積極探索宮、腹腔鏡微創(chuàng)手術(shù)在生殖內(nèi)分泌疾病和不孕癥診治中的應(yīng)用。采用宮、腹腔鏡治療子宮內(nèi)膜異位癥、輸卵管病變、宮腔病變、多囊卵巢綜合征等；此外生殖中心還針對因惡性腫瘤放化療及其它一些影響生育的問題為患者開展生育力保存的研究和服務(wù)。
北醫(yī)三院生殖醫(yī)學(xué)中心集醫(yī)、教、研為一體，是生殖內(nèi)分泌和不孕癥診治的綜合性醫(yī)療機構(gòu)。不僅輔助生殖技術(shù)，還在多囊卵巢綜合征、子宮內(nèi)膜異位癥、復(fù)發(fā)性流產(chǎn)及部分遺傳性疾病等多種疑難雜癥的診治方面居全國領(lǐng)先國際先進水平，并成為首批衛(wèi)生部生殖醫(yī)學(xué)臨床培訓(xùn)基地。年診治病例人數(shù)居全國前列，2010年門診量超過20萬人次。
北醫(yī)三院生殖中心的臨床診療和科研水平都達到了國內(nèi)領(lǐng)先和國際先進水平，成為目前國內(nèi)至全世界最大的生殖內(nèi)分泌疾病和不孕癥診治的綜合性醫(yī)療中心之一。